Другая альтернатива решения вопроса о субъекте, осуществляющем оперативное управление средствами Стабилизационного фонда, состоит в том, чтобы передать эти полномочия Министерству финансов. Министерство финансов является органом, ответственным за исполнение федерального бюджета, то есть осуществляет оперативное управление его средствами. Учитывая, что средства Фонда являются накопленными доходами федерального бюджета, было бы логично передать их в оперативное управление тому же органу, который осуществляет соответствующие функции применительно к средствам федерального бюджета. Однако этот аргумент “за” не в меньшей степени является же и аргументом “против” такого решения вопроса.
Совмещение в одном лице функций управления бюджетом и Стабилизационным фондом создает риск фактического слияния их средств, которое может привести к ненадлежащему расходованию Фонда. В этой ситуации вместо инвестирования свободных средств Стабилизационного фонда они будут использоваться на покрытие текущих кассовых разрывов. Следует учитывать также и то обстоятельство, что в отличие от Центрального банка, Министерство финансов не располагает другим портфелем иностранных финансовых активов, а следовательно сокращаются возможности выбора активов (по срокам до погашения), в которые могут быть инвестированы средства фонда. Кроме того, резко возрастает риск потерь на средства, инвестированные из перечислений в Фонд в течение года; при инвестировании средств на несколько месяцев малейшие колебания процентной ставки могут вызвать потери в краткосрочном периоде, однако, Министерство финансов РФ будет вынуждено продавать активы, если сумма средств Фонда должна быть уменьшена по итогам года в сравнении с перечисленной в течение года суммой. Наконец, в отличие от Центрального банка, Министерство финансов не располагает к настоящему времени командой профессиональных портфельных менеджеров, а значит, осуществляемые им вложения при прочих равных будут более рискованны и менее эффективны. Кроме того, создание Фонда откладывается до момента формирования такой команды, либо средства Фонда не будут инвестироваться.
Сходными недостатками отличается и третий вариант решения вопроса - создание специального правительственного Агентства для управления средствами Стабилизационного фонда. Как и в случае с передачей его средств в управление Министерству финансов, речь идет об ограничениях на выбор активов (по срокам вложений) и увеличении риска потерь на инвестиции в краткосрочном периоде, поскольку такое Агентство также не имеет другого портфеля финансовых активов. Обеспечить фактическое наличие средств для исполнения предусмотренных законом расходных обязательств Фонда такое Агентство сможет только ценой досрочной реализации произведенных инвестиций. Единственным отличием данного варианта от варианта с передачей управления Министерству финансов является невозможность использования средств Фонда для текущего финансирования бюджетных расходов. .
Вышеприведенные аргументы приводят к выводу, что оптимальным вариантом управления средствами Стабилизационного фонда является их передача Центральному банку Российской Федерации.
Андрей Нечаев, президент Российской финансовой корпорации, бывший министр экономики России считает, что управление Стабилизационным фондом нецелесообразно осуществлять парламентским путем. Представительная власть должна контролировать соблюдение законодательно установленных целей указанных резервов, обеспечивая их сохранность в долговременной перспективе, однако передача Парламенту прав по распоряжению этими средствами неизбежно снизит эффективность или даже просто заблокирует принятие управленческих решений.
Сергей Глазьев считает, что с точки зрения политики экономического роста, Стабилизационный фонд является тормозом в той мере, в которой деньги изымаются из экономики и накапливаются в фонде. При этом уменьшается конечный спрос, уменьшаются инвестиционные возможности, поэтому чистый вклад Стабилизационного фонда эквивалентен его величине со знаком "минус" для динамики валового внутреннего продукта. Стабилизационный фонд имеет единственное основание - это успокоить иностранных кредиторов в том смысле, что у российской власти всегда хватит денег, чтобы с ними рассчитаться.
В то время как, Россия стремиться улучшить инвестиционный климат и привлечь иностранные инвестиции на покрытие текущих и стратегических потребностей, Стабилизационный фонд был накоплен в размере 1,46 трлн. рублей.
Интересен также вопрос о целесообразности действий российского Правительства в стремлении разместить накопленные деньги в американских ценных бумагах. Россия стремиться увеличить приток иностранных инвестиций, в то время как является иностранным инвестором.